Если есть регистрация (пусть даже временная), то ОБЯЗАН встать на воинский учет по месту регистрации, за невыполнение этого (непостановка на учет по новому месту пребывания в течение)- штраф до 500 руб по 21.5 КоАП. Необходимо явиться в военкомат по месту регистрации (с соответствующим штампом в паспорте о временной регистрации или еще какими документами, подтверждающими наличие регистрации),пишется соответствующее заявление, далее они просто передают личное дело из старого военкомата в новый. Вообще четкого порядка в этом вопросе нет, можно получить военник как по месту регистрации, так и по месту постоянного проживания. Если вам откажут снова - пригрозите написать жалобу в военную прокуратуру. Или пусть вам покажут документ, в котором сказано - где необходимо получать военный билет. Думаем, они не смогут вам его показать, поэтому смело настаивайте на вашем требовании. Откажут - пишите жалобу!