Здравствуйте, Евгений.

Ваше увольнение правомерно, так как сама формулировка причины расторжения контракта прямо указывает, что амнистия не является основанием для оставления сотрудника на службе:

в связи с осуждением сотрудника за преступление, а также в связи с прекращением в отношении сотрудника уголовного преследования за истечением срока давности, в связи с примирением сторон, вследствие акта об амнистии, в связи с деятельным раскаянием.

Что касается полагающихся вам выплат, консультацию по этому вопросу вы можете получить у юристов по месту жительства, предоставив подробную информацию по вопросу (подразделение, срок службы, звание и т.п., а также сам контракт, для изучения).

Всего доброго.