Здравствуйте Дмитрий. Можно обжаловать в судебном порядке лишь решение, принятое налоговым инспектором. Соответственно вынесенное решение, составной частью которого и будет являться протокол допроса, вы и вправе обжаловать в суд. В жалобе укажите на причины своего несогласия с решением. Спасибо за обращение и всего Вам доброго.