Необходимым условием привлечения к материальной ответственности является установление вины. как вы сами написали в своем вопросе, причиной недостачи послужило совершение преступления. следовательно вины вашей супруги в причинении ущерба работодателю нет. Ваша супруга может уволиться не выплатив сумму недостачи, однако будьте готовы к тому, что работодатель обратится в суд с исковым заявлением. Спасибо за обращение и всего Вам доброго.