Здравствуйте Юлия. При регистрации в квартире, ваш брат может быть привлечен к ответственности по ч.1 ст. 19.15 Кодекса об административных правонарушениях РФ за проживание без регистрации. Указанной нормой закона предусмотрена ответственность в виде административного штрафа в размере от одной тысячи пятисот до двух тысяч пятисот рублей. Полагаем, что проблем с военкоматом возникнуть не должно. Спасибо за обращение и всего Вам доброго.