Возможность выписать из муниципальной квартиры есть. В паспортный стол предоставляется приговор суда, ваш паспорт и соответствующее заявление.

Утверждены Постановлением Правительства Российской Федерации от 17 июля 1995 г. N 713

ПРАВИЛА РЕГИСТРАЦИИ И СНЯТИЯ ГРАЖДАН РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ С РЕГИСТРАЦИОННОГО УЧЕТА ПО МЕСТУ ПРЕБЫВАНИЯ И ПО МЕСТУ ЖИТЕЛЬСТВА В ПРЕДЕЛАХ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

31. Снятие гражданина с регистрационного учета по месту жительства производится органами регистрационного учета в случае:

в) осуждения к лишению свободы - на основании вступившего в законную силу приговора суда.

На период исполнения наказания вашего сына выпишут из квартиры, но когда он вернется, его снова зарегистрируют (пропишут). В соответствии с российским законодательством, находясь в местах лишения свободы, человек не теряет свое право на пользование жилой площадью.

Право пользования жилыми помещениями указанных лиц сохраняется бессрочно или в соответствующих случаях не может быть затронуто в определенный срок даже в случае перехода права на жилое помещение к другим лицам по гражданско-правовым сделкам (купля-продажа, дарение, мена, наследование, рента и т.д.). При отчуждении жилого помещения собственником в договоре должны быть обязательно отражены сведения об указанных лицам и сделана запись об их бессрочном или срочном праве пользования жильём. Указание таких лиц в договоре является существенным условием договора, и несоблюдение этого правила в отношении любого договора по отчуждению жилого помещения влечет признание сделки недействительной.