Вы правы, действительно, сумма государственной пошлины за выдачу регистрационного знака, не может составлять ущерб, причиненный преступлением. Поскольку сумма госпошлины взимается за совершение регистрационных действий, которая, возможно, включает в себя и стоимость самого регистрационного знака. Тем не менее, для квалификации преступления Важным является правильное определение сумму причиненного преступлением ущерба. На наш взгляд, в Вашей ситуации ее определить довольно сложно, но, предположительно суммой такого ущерба будет являться затраты понесенные бюджетом (организацией, учреждением) на изготовление регистрационного знака. Безусловно, в Вашей ситуации необходимо оспаривать такие выводы сделанные лицом, проводящим дознание или следствие.