Здравствуйте, Дмитрий.

Отказать в регистрации ребенка по месту жительства его матери нельзя.

В соответствии со статьей 20 Гражданского кодекса РФ, местом жительства несовершеннолетнего ребенка является место жительства его родителей (одного из них) или законных представителей (одного из них).

При регистрации ребенка по месту жительства одного из родителей не требуется согласие собственников жилья и иных лиц, с ним проживающих.

Сотрудники паспортного стола обязаны зарегистрировать ребенка по заявлению родителей (или одного из них) даже в том случае, когда регистрация не допускается по нормам жилищного законодательства из-за маленького размера жилплощади.

То есть, не имеет значения, что у отца ребенка есть своя жилплощадь. Если родителями ребенка принято решение, что ребенок будет зарегистрирован по месту регистрации его матери, сотрудники паспортного стола зарегистрируют ребенка в Вашей квартире.

Поэтому, Вам следует рассмотреть вариант выписки из квартиры матери ребенка, а затем и ребенка, согласно требованиям п.2 ст.20 Гражданского кодекса РФ. Для выписки матери ребенка из квартиры должны быть веские основания, поскольку данный вопрос решается в судебном порядке, если она добровольно оказывается выписаться из квартиры.

Источник: Жилищный кодекс РФ; Гражданский кодекс РФ; Приказ Федеральной миграционной службы (ФМС России) от 20 сентября 2007 г. N 208 "Об утверждении Административного регламента предоставления Федеральной миграционной службой государственной услуги по регистрационному учету граждан Российской Федерации по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации".

Всего доброго.