Здравствуйте, Екатерина.

Трудовая книжка составляется в единственном экземпляре и во время работы гражданина в нескольких организациях должна храниться только в одной из них, работа в которой является для данного гражданина основной. Работы же во всех остальных организациях в этом случае считаются работами по совместительству (см. статьи 282-288 Трудового кодекса РФ, который легко можно найти в поисковых системах интернета).

Обучение в интернатуре одновременно признаётся работой по трудовому договору. Из содержания Вашего вопроса можно сделать однозначный вывод о том, что такая работа для Вас была основной, в связи с чем и Ваша трудовая книжка находилась именно в академии, в которой Вы проходили ординатуру. Работа же в аптеке на период до окончания ординатуры являлась для Вас работой по совместительству.

Согласно статье 66 ТК РФ работодатель по месту основной работы на основании письменного заявления работника с приложением к нему документов, подтверждающих осуществление данным работником работы по совместительству, обязан внести в трудовую книжку работника запись о его работе по совместительству. Поскольку же Вы до 02.09.2013 г. работали в аптеке именно по совместительству, администрация аптеки должна внести запись об этом в Вашу трудовую книжку на основании имеющихся в ней документов, подтверждающих Вашу работу в ней до 02.09.2013 г. (приказы о приёме на работу и т.п.).

Всего доброго.